Руководство работой EUROSAI осуществляют три органа управления: Конгресс, Руководящий комитет и Секретариат.

В составе Организации имеются также три Рабочие группыгруппы, одна Специальная группа и одна Сеть (network). Эти исполнительные органы были созданы для поддержки Конгресса: на техническом уровне и в форме конкретных проектов и инициатив. Полномочия рабочих и специальных групп устанавливаются в соответствии с положениями Стратегического плана EUROSAI.

Кроме того, по решению X и XI Конгрессов, в течение реализации Стратегического плата на период 2017-2024 годов, руководство EUROSAI будет усилено следующими элементами: 

a)     Портфели членов Руководящего комитета: каждый из членов Руководящего комитета отвечает за один или несколько портфелей проектов, связанных с руководством EUROSAI и/или выполнением Стратегического плана.

В настоящее время портфели распределены следующим образом: 

• • Общее управление и культура: ВОФК Чешской Республики (EUROSAI Президент).
  • Сопредседатель по Стратегической цели 1 “Профессиональное сотрудничество”: ВОФК Литва.
  • Сопредседатель по Стратегической цели 2 “Усиление институционального потенциала”: ВОФК Польши.
  • Связь: ВОФК Испании (председатель), при сотрудничестве: ВОФК Израиля (сопредседатель).
  • Контакты с заинтересованными организациями, не являющимися ВОФК: ВОФК Латвии.
  • Сотрудничество с INTOSAI и ее региональными организациями: ВОФК Испании (EUROSAI Секретариат).
  • Возникающие проблемы и прогнозирование: ВОФК Великобритании.

b)     Сопредседатели по стратегическим целям: координация работы, направленной на достижение каждой из двух стратегических целей, будет осуществляться одним ВОФК, входящим в состав Руководящего комитета, и одним ВОФК, не входящим в его состав.

Сопредседателями по стратегическим целям выступают следующие ВОФК, не являющиеся членами Руководящего комитета:

• • Стратегическая цель 1 ("Профессиональное сотрудничество"), сопредседатель - ВОФК Германии.
  • Стратегическая цель 2 ("Развитие институционального потенциала"), сопредседатель - ВОФК Швеции.

c)      Координационный совет: небольшая группа в составе Руководящего комитета осуществляет координацию и регулярный мониторинг выполнения Рабочего плана EUROSAI.

Координационный совет состоит из 3 членов: ВОФК Чешской Республики (EUROSAI председатель), Литвы (сопредседатель по 1-ой стратегической цели) и Польши (сопредседатель по 2-ой стратегической цели). Секретариат участвует в качестве наблюдателя, а председатели по стратегическом целям, не являющиеся членами Руководящего комитета (ВОФК Германии и Швеции), имеют в Координационном совете статус приглашенных.

d)        Гибкие проектные группы: в соответствии с двумя стратегическими целями EUROSAI и задачами усиления руководства организации, могут проводиться в жизнь кратковременные совместные инициативы на проектной основе под председательством отдельных членов EUROSAI.

e)       В качестве постоянных мероприятий в рамках Стратегического и Рабочего планов EUROSAI могут создаваться Сети под руководством одного или нескольких членов Организации, с целью поддержания регулярного обмена информацией, опытом и знаниями и устойчивого сотрудничества по конкретным постоянным темам.